MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 chromosome

Total Repeats: 102725

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003197	AT	3	6	55	60	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_003197	CAG	2	6	64	69	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_003197	AGAC	2	8	153	160	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_003197	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_003197	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16763391
6	NC_003197	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16763391
7	NC_003197	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003197	T	8	8	303	310	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003197	AAC	2	6	330	335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_003197	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763392
11	NC_003197	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	16763392
12	NC_003197	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763392
13	NC_003197	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	16763392
14	NC_003197	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763392
15	NC_003197	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	16763392
16	NC_003197	GC	3	6	575	580	0 %	0 %	50 %	50 %	16763392
17	NC_003197	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763392
18	NC_003197	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
19	NC_003197	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	16763392
20	NC_003197	GATC	2	8	777	784	25 %	25 %	25 %	25 %	16763392
21	NC_003197	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
22	NC_003197	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
23	NC_003197	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763392
24	NC_003197	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
25	NC_003197	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
26	NC_003197	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763392
27	NC_003197	GCT	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763392
28	NC_003197	CT	3	6	1105	1110	0 %	50 %	0 %	50 %	16763392
29	NC_003197	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763392
30	NC_003197	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	16763392
31	NC_003197	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763392
32	NC_003197	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763392
33	NC_003197	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
34	NC_003197	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763392
35	NC_003197	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	16763392
36	NC_003197	TG	3	6	1417	1422	0 %	50 %	50 %	0 %	16763392
37	NC_003197	GC	3	6	1436	1441	0 %	0 %	50 %	50 %	16763392
38	NC_003197	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
39	NC_003197	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763392
40	NC_003197	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16763392
41	NC_003197	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16763392
42	NC_003197	AATATC	2	12	1606	1617	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	16763392
43	NC_003197	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16763392
44	NC_003197	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763392
45	NC_003197	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763392
46	NC_003197	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16763392
47	NC_003197	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763392
48	NC_003197	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763392
49	NC_003197	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16763392
50	NC_003197	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763392
51	NC_003197	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763392
52	NC_003197	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16763392
53	NC_003197	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763392
54	NC_003197	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
55	NC_003197	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763392
56	NC_003197	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763392
57	NC_003197	CT	3	6	2254	2259	0 %	50 %	0 %	50 %	16763392
58	NC_003197	TC	3	6	2292	2297	0 %	50 %	0 %	50 %	16763392
59	NC_003197	GC	3	6	2314	2319	0 %	0 %	50 %	50 %	16763392
60	NC_003197	CG	3	6	2345	2350	0 %	0 %	50 %	50 %	16763392
61	NC_003197	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763392
62	NC_003197	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763392
63	NC_003197	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763392
64	NC_003197	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	16763392
65	NC_003197	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16763392
66	NC_003197	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763392
67	NC_003197	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763392
68	NC_003197	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763392
69	NC_003197	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763393
70	NC_003197	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763393
71	NC_003197	A	7	7	3060	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	16763393
72	NC_003197	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763393
73	NC_003197	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763393
74	NC_003197	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	16763393
75	NC_003197	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763393
76	NC_003197	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763393
77	NC_003197	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16763393
78	NC_003197	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16763393
79	NC_003197	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763393
80	NC_003197	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763393
81	NC_003197	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	16763393
82	NC_003197	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763393
83	NC_003197	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763393
84	NC_003197	CG	4	8	3503	3510	0 %	0 %	50 %	50 %	16763393
85	NC_003197	GC	3	6	3558	3563	0 %	0 %	50 %	50 %	16763393
86	NC_003197	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763393
87	NC_003197	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763393
88	NC_003197	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763394
89	NC_003197	T	8	8	3819	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	16763394
90	NC_003197	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763394
91	NC_003197	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763394
92	NC_003197	CG	3	6	3962	3967	0 %	0 %	50 %	50 %	16763394
93	NC_003197	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763394
94	NC_003197	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763394
95	NC_003197	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	16763394
96	NC_003197	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763394
97	NC_003197	CG	3	6	4206	4211	0 %	0 %	50 %	50 %	16763394
98	NC_003197	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763394
99	NC_003197	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763394
100	NC_003197	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16763394
101	NC_003197	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763394
102	NC_003197	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763394
103	NC_003197	GCT	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763394
104	NC_003197	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763394
105	NC_003197	GATG	2	8	4633	4640	25 %	25 %	50 %	0 %	16763394
106	NC_003197	CAGC	2	8	4642	4649	25 %	0 %	25 %	50 %	16763394
107	NC_003197	CG	3	6	4662	4667	0 %	0 %	50 %	50 %	16763394
108	NC_003197	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	16763394
109	NC_003197	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763394
110	NC_003197	CTGA	2	8	4700	4707	25 %	25 %	25 %	25 %	16763394
111	NC_003197	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763394
112	NC_003197	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763394
113	NC_003197	CAG	2	6	4742	4747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763394
114	NC_003197	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763394
115	NC_003197	AG	3	6	4882	4887	50 %	0 %	50 %	0 %	16763394
116	NC_003197	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763394
117	NC_003197	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763394
118	NC_003197	CTGC	2	8	4970	4977	0 %	25 %	25 %	50 %	16763394
119	NC_003197	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763394
120	NC_003197	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763394
121	NC_003197	GTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003197	TG	3	6	5148	5153	0 %	50 %	50 %	0 %	16763395
123	NC_003197	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763395
124	NC_003197	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	16763395
125	NC_003197	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763395
126	NC_003197	CG	3	6	5251	5256	0 %	0 %	50 %	50 %	16763395
127	NC_003197	T	6	6	5258	5263	0 %	100 %	0 %	0 %	16763395
128	NC_003197	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16763395
129	NC_003197	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763395
130	NC_003197	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	16763395
131	NC_003197	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	16763395
132	NC_003197	CG	3	6	5470	5475	0 %	0 %	50 %	50 %	16763395
133	NC_003197	AG	3	6	5552	5557	50 %	0 %	50 %	0 %	16763395
134	NC_003197	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16763395
135	NC_003197	CAAAAT	2	12	5578	5589	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	16763395
136	NC_003197	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763395
137	NC_003197	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763395
138	NC_003197	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763395
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271	NC_003197	TAT	2	6	12201	12206	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16763402
272	NC_003197	CGA	2	6	12213	12218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763402
273	NC_003197	A	6	6	12230	12235	100 %	0 %	0 %	0 %	16763402
274	NC_003197	CAAC	2	8	12251	12258	50 %	0 %	0 %	50 %	16763402
275	NC_003197	GTG	2	6	12275	12280	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763402
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277	NC_003197	AAG	2	6	12380	12385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16763402
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403	NC_003197	AATA	2	8	17996	18003	75 %	25 %	0 %	0 %	16763408
404	NC_003197	TTA	2	6	18037	18042	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	16763408
405	NC_003197	TTG	2	6	18156	18161	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16763408
406	NC_003197	AGA	2	6	18190	18195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16763408
407	NC_003197	CTG	2	6	18359	18364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763408
408	NC_003197	GC	3	6	18366	18371	0 %	0 %	50 %	50 %	16763408
409	NC_003197	CGG	2	6	18433	18438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763408
410	NC_003197	CCG	2	6	18468	18473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763408
411	NC_003197	GTG	2	6	18509	18514	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763408
412	NC_003197	GGGC	2	8	18582	18589	0 %	0 %	75 %	25 %	16763408
413	NC_003197	GCT	2	6	18625	18630	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763408
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415	NC_003197	ACT	2	6	18707	18712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763408
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419	NC_003197	CTG	2	6	18881	18886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763408
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422	NC_003197	CGC	2	6	19179	19184	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763408
423	NC_003197	CTGGGC	2	12	19220	19231	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	16763408
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425	NC_003197	AGAGC	2	10	19372	19381	40 %	0 %	40 %	20 %	16763408
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429	NC_003197	TGA	2	6	19483	19488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763408
430	NC_003197	A	6	6	19590	19595	100 %	0 %	0 %	0 %	16763408
431	NC_003197	AACCGG	2	12	19695	19706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763408
432	NC_003197	GAA	2	6	19712	19717	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16763408
433	NC_003197	GAA	2	6	19745	19750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	16763408
434	NC_003197	GAT	2	6	19769	19774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763408
435	NC_003197	CAG	2	6	19779	19784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763408
436	NC_003197	TGG	2	6	19892	19897	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763408
437	NC_003197	CCTGA	2	10	19913	19922	20 %	20 %	20 %	40 %	16763408
438	NC_003197	CGG	2	6	19933	19938	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763408
439	NC_003197	CCA	2	6	20031	20036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
440	NC_003197	GACCAT	2	12	20054	20065	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	16763409
441	NC_003197	A	6	6	20107	20112	100 %	0 %	0 %	0 %	16763409
442	NC_003197	TCA	2	6	20125	20130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763409
443	NC_003197	GCG	2	6	20212	20217	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763409
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445	NC_003197	ATC	2	6	20286	20291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763409
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449	NC_003197	CGTCAT	2	12	20404	20415	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16763409
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459	NC_003197	GCT	2	6	20957	20962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763409
460	NC_003197	TACCG	2	10	21050	21059	20 %	20 %	20 %	40 %	16763409
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462	NC_003197	GCC	2	6	21132	21137	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	16763409
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466	NC_003197	CAT	2	6	21321	21326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	16763409
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469	NC_003197	CTG	2	6	21403	21408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	16763409
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472	NC_003197	ATG	2	6	21619	21624	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	16763409
473	NC_003197	GACG	2	8	21629	21636	25 %	0 %	50 %	25 %	16763409
474	NC_003197	GGCCG	2	10	21674	21683	0 %	0 %	60 %	40 %	16763409
475	NC_003197	GTT	2	6	21689	21694	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	16763409
476	NC_003197	GGC	2	6	21777	21782	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763409
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488	NC_003197	CGA	2	6	22319	22324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	16763409
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494	NC_003197	GGC	2	6	22680	22685	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	16763409
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498	NC_003197	CT	3	6	22794	22799	0 %	50 %	0 %	50 %	16763409
499	NC_003197	GGT	2	6	22947	22952	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	16763409
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